Der er god plads til at være lystfisker i Bønnerup, både fra molerne og fra båd. Langs både øst og vest molen er der anbragt platforme til brug for lystfiskerne, også molehovederne ved indsejlingen er populære. Man kan fange flad- og rundfisk, samt fjæsinger.

På grundene uden for havnen er der gode muligheder for både hornfisk og makrel i sæsonen, og i den nordvestlige ende af den store parkeringsplads er der anbragt en fiskerenseplads med mulighed for både at rense, skylle og pakke fangsten, og for bortskaffelse af affaldet.